液体样品相对容易获得，液体食品通常放在大罐子里，取样可以连续或间歇搅拌。对于较小的容器，液体可以在取样前上下混合。获得的样品应放置在灭菌容器中，取样前应将液体混合到实验室中。固体样品常用的取样工具包括解剖刀、勺子、软木钻、锯子、钳子等。无菌取样袋，使用前必须消毒。如果奶粉等食物混合均匀，其成分质量均匀稳定，可以抽取少量样品进行检测;散装样品应从多个点取样，每个点应单独处理，并在检测前混合均匀;肉和表面污染。
取水样时，使用无菌取样袋。如从水龙头取样，应清洁水龙头的内外。打开水龙头，让水流几分钟，关掉水龙头，用酒精灯燃烧，再次打开水龙头，让水流1-2分钟，然后连接样品，装满取样瓶。如果检测目的是跟踪微生物的污染源，建议在水龙头消毒前取样，并在水龙头内外涂上棉签，以检测水龙头自身污染的可能性。从水库、河流、井水等取水样品时，用无菌取样袋或工具取出瓶子，打开瓶塞，直接从流水中取样。
